La Casa de Orates desde 1852-1891, fue dirigida por una Junta Directiva dependiente del Ministro del Interior, pero a partir de este último año fue puesta bajo la dirección de la Junta de Beneficencia de Santiago. En 1891 se creó un nuevo servicio médico, a cargo del Dr. Manuel Segundo Beca, quien dos años antes había ingresado como médico asistente de sección en la Casa. En 1895 se inició el Internado para estudiantes de medicina, uno de cuyos pioneros participantes fue el entonces alumno Jerónimo Letelier Grez. Bajo la administración de Don Pedro Montt (1895-1906, futuro Presidente de Chile), se construye 2° piso a todas las dependencias que daban hacia Olivos,
se terminan departamentos de crónicos, se construye la Capilla y el Salón Grez (1897), se terminan las construcciones de observación de hombres y mujeres, la biblioteca y la Sala de Autopsias.